Bio::EnsEMBL::RepeatMaskedSlice Member List

This is the complete list of members for Bio::EnsEMBL::RepeatMaskedSlice, including all inherited members.

_constrain_to_region()	Bio::EnsEMBL::Slice
_get_Adaptor()	Bio::EnsEMBL::Slice
_get_AlignFeatures()	Bio::EnsEMBL::Slice
_get_CoreAdaptor()	Bio::EnsEMBL::Slice
_get_repeat_features()	Bio::EnsEMBL::RepeatMaskedSlice
_get_StructuralVariationFeatureAdaptor()	Bio::EnsEMBL::Slice
_get_VariationAdaptor()	Bio::EnsEMBL::Slice
_get_VariationFeatureAdaptor()	Bio::EnsEMBL::Slice
_mask_features()	Bio::EnsEMBL::Slice
accession_number()	Bio::EnsEMBL::Slice
adaptor()	Bio::EnsEMBL::Slice
add_synonym()	Bio::EnsEMBL::Slice
alphabet()	Bio::EnsEMBL::Slice
assembly_exception_type()	Bio::EnsEMBL::Slice
centrepoint()	Bio::EnsEMBL::Slice
constrain_to_seq_region()	Bio::EnsEMBL::Slice
coord_system()	Bio::EnsEMBL::Slice
coord_system_name()	Bio::EnsEMBL::Slice
desc()	Bio::EnsEMBL::Slice
display_id()	Bio::EnsEMBL::Slice
end()	Bio::EnsEMBL::Slice
expand()	Bio::EnsEMBL::Slice
feature_so_acc()	Bio::EnsEMBL::Slice
feature_so_term()	Bio::EnsEMBL::Slice
get_all_AssemblyExceptionFeatures()	Bio::EnsEMBL::Slice
get_all_Attributes()	Bio::EnsEMBL::Slice
get_all_compara_DnaAlignFeatures()	Bio::EnsEMBL::Slice
get_all_compara_Syntenies()	Bio::EnsEMBL::Slice
get_all_DAS_Features()	Bio::EnsEMBL::Slice
get_all_DASFactories()	Bio::EnsEMBL::Slice
get_all_DASFeatures()	Bio::EnsEMBL::Slice
get_all_DASFeatures_dsn()	Bio::EnsEMBL::Slice
get_all_DitagFeatures()	Bio::EnsEMBL::Slice
get_all_DnaAlignFeatures()	Bio::EnsEMBL::Slice
get_all_Exons()	Bio::EnsEMBL::Slice
get_all_ExternalFeatures()	Bio::EnsEMBL::Slice
get_all_Genes()	Bio::EnsEMBL::Slice
get_all_Genes_by_source()	Bio::EnsEMBL::Slice
get_all_Genes_by_type()	Bio::EnsEMBL::Slice
get_all_Haplotypes()	Bio::EnsEMBL::Slice
get_all_KaryotypeBands()	Bio::EnsEMBL::Slice
get_all_LD_values()	Bio::EnsEMBL::Slice
get_all_MarkerFeatures()	Bio::EnsEMBL::Slice
get_all_MiscFeatures()	Bio::EnsEMBL::Slice
get_all_PredictionTranscripts()	Bio::EnsEMBL::Slice
get_all_ProteinAlignFeatures()	Bio::EnsEMBL::Slice
get_all_RepeatFeatures()	Bio::EnsEMBL::Slice
get_all_SearchFeatures()	Bio::EnsEMBL::Slice
get_all_SimilarityFeatures()	Bio::EnsEMBL::Slice
get_all_SimpleFeatures()	Bio::EnsEMBL::Slice
get_all_somatic_VariationFeatures()	Bio::EnsEMBL::Slice
get_all_somatic_VariationFeatures_by_source()	Bio::EnsEMBL::Slice
get_all_somatic_VariationFeatures_with_phenotype()	Bio::EnsEMBL::Slice
get_all_synonyms()	Bio::EnsEMBL::Slice
get_all_Transcripts()	Bio::EnsEMBL::Slice
get_all_Transcripts_by_source()	Bio::EnsEMBL::Slice
get_all_Transcripts_by_type()	Bio::EnsEMBL::Slice
get_all_VariationFeatures()	Bio::EnsEMBL::Slice
get_all_VariationFeatures_by_Population()	Bio::EnsEMBL::Slice
get_base_count()	Bio::EnsEMBL::Slice
get_generic_features()	Bio::EnsEMBL::Slice
get_genome_component()	Bio::EnsEMBL::Slice
get_MarkerFeatures_by_Name()	Bio::EnsEMBL::Slice
get_repeatmasked_seq()	Bio::EnsEMBL::Slice
get_seq_region_id()	Bio::EnsEMBL::Slice
has_karyotype()	Bio::EnsEMBL::Slice
id()	Bio::EnsEMBL::Slice
invert()	Bio::EnsEMBL::Slice
is_chromosome()	Bio::EnsEMBL::Slice
is_circular()	Bio::EnsEMBL::Slice
is_reference()	Bio::EnsEMBL::Slice
is_toplevel()	Bio::EnsEMBL::Slice
karyotype_rank()	Bio::EnsEMBL::Slice
length()	Bio::EnsEMBL::Slice
moltype()	Bio::EnsEMBL::Slice
name()	Bio::EnsEMBL::Slice
new()	Bio::EnsEMBL::RepeatMaskedSlice
new_fast()	Bio::EnsEMBL::Slice
not_default_masking_cases()	Bio::EnsEMBL::RepeatMaskedSlice
old_get_all_DASFeatures()	Bio::EnsEMBL::Slice
primary_id()	Bio::EnsEMBL::Slice
project()	Bio::EnsEMBL::Slice
project_to_slice()	Bio::EnsEMBL::Slice
repeat_mask_logic_names()	Bio::EnsEMBL::RepeatMaskedSlice
seq()	Bio::EnsEMBL::RepeatMaskedSlice
seq_region_end()	Bio::EnsEMBL::Slice
seq_region_length()	Bio::EnsEMBL::Slice
seq_region_name()	Bio::EnsEMBL::Slice
seq_region_Slice()	Bio::EnsEMBL::Slice
seq_region_start()	Bio::EnsEMBL::Slice
slice()	Bio::EnsEMBL::Slice
soft_mask()	Bio::EnsEMBL::RepeatMaskedSlice
source()	Bio::EnsEMBL::Slice
start()	Bio::EnsEMBL::Slice
strand()	Bio::EnsEMBL::Slice
sub_Slice()	Bio::EnsEMBL::Slice
sub_Slice_Iterator()	Bio::EnsEMBL::Slice
subseq()	Bio::EnsEMBL::RepeatMaskedSlice
summary_as_hash()	Bio::EnsEMBL::Slice